Anarchy Reigns è ambientato in un futuro in cui le battaglie tra nazioni per accaparrarsi le ultime risorse disponibili sulla terra sono diventate vere e proprie guerre, con tanto di arsenali nucleari ed armi chimiche. Nello stesso tempo, si diffondono virus che portano malattie sconosciute nei paesi in via di sviluppo. In uno scenario del genere, l’umanità riesce a sopravvivere solo grazie all’ausilio di nano-macchine e organismi cibernetici. La location principale di Anarchy Reigns è una città in rovina chiamata Altanbra, un posto che cambierà nel corso del gioco col progredire della devastazione.