Beyond Eyes racconta la storia di Rae, una ragazzina rimasta cieca e traumatizzata dopo un incidente, che sfrutta gli altri sensi per visualizzare il mondo intorno a lei. Rae non ama i luoghi affollati e i rumori troppo forti; per questo non lascia quasi mai la sua casa. Le cose cambiano quando sparisce Nani, la sua gatta. Rae parte quindi alla ricerca della sua amica, affrontando pericoli di ogni sorta per riunirsi a lei.
