Picross E3 offre oltre 150 nuove griglie ed una nuova modalità che raggruppa la numerazione per alcune colonne e righe, rendendo quindi i puzzle più ostici. Il sistema di gioco rimane fedele alla serie: annerire il numero di celle prestabilito in griglie 5 x 5, 10 x 10 e 15 x 15 per far apparire un’immagine.
